Myšlenka regulace řeky Moravy znovu ožila kolem roku 1927 a zaujala velkoprůmyslníka Tomáše Baťu. Po jeho tragické smrti o pět let později se tohoto smělého plánu ujal Jan Antonín Baťa. Regulace toku Moravy a výstavba kanálu měla pro firmu Baťa několik významů. Kromě realizace starého snu o propojení evropských veletoků se jednalo o přepravu lignitu z dolu v Ratíškovicích do továren a tepláren v Otrokovicích, která byla po železnici finančně nevýhodná, a také o vybudování melioračního systému v okolí řeky Moravy.
Organizačně i technicky náročná stavba proběhla v letech 1934 až 1938. Celková délka plavební trasy byla 51,8 km, z toho 1 km vedl korytem dnes již nesplavné Dřevnice a některé úseky korytem Moravy. Kanál mohly využívat nákladní čluny o nosnosti 150 tun, plavební hloubka byla 1,5 m. Trasa začínala v přístavu v Otrokovicích a končila u Rohatce překladištěm lignitu. Lodě musely proplout 14 plavebními komorami, které pomáhaly překonat výškové rozdíly hladiny. U každé z nich byl vystavěn malý domek pro obsluhu a k němu patřilo i malé hospodářství. Kromě komor však musela být vybudována i řada dalších technicky náročných zařízení, například zvedací železniční mosty nebo jezy s automatickou regulací výšky hladiny ve zdrži. Část těchto konstrukcí byla zničena za války a část dosloužila a již nebyla obnovena, některé se však zachovaly dodnes. Zajímavá je třeba vodní křižovatka ve Vnorovech. Kanál zde přetíná Moravu a jeho hladina je o několik metrů výše než řeka. Pod jejím dnem je proto ukryto potrubí, které za křižovatkou zajišťuje v kanálu stejnou výšku hladiny jako před ní.
Závlahový systém v okolí kanálu tvořilo množství náhonů, kterými se vypouštěla voda na přilehlé pozemky. Na mnoha místech se zavlažování víceméně neujalo a navíc měla regulace i negativní důsledky v podobě vyschnutí některých částí krajiny. Samotná plavba na kanálu probíhala následovně: prázdný nákladní člun byl z Otrokovic odtažen remorkérem do Spytihněvi, odkud byl dále tažen traktorem (a v začátcích koňským potahem) jedoucím po břehu. Ze Starého Města ho opět táhl remorkér, který ve Veselí nad Moravou znovu vystřídal traktor. Ten člun dotáhl do Sudoměřic, odkud se po naplnění nákladem vydal na obdobnou cestu zpět. K vyhýbání sloužily přístavy nebo tzv. výhybny. Za ideálního stavu vody trvala celá cesta 10 hodin, často však déle. Kromě lodí s lignitem se od roku 1939 po kanálu plavila výletní loď Mojena, která tak předznamenala dnešní turistické využití vodní cesty. Za 2. světové války však byl kanál německými vojsky značně poškozen a těsně po válce došlo ke znárodnění Baťových závodů. Nákladní přeprava byla pro nerentabilnost ukončena na počátku šedesátých let. Snahy o znovuzprovoznění kanálu pro turistické využití se poprvé objevily v polovině devadesátých let 20. století a roku 1996 vznikla z iniciativy zdejších obcí Agentura pro rozvoj turistiky na Baťově kanálu, jejíž aktivity směřovaly ke zpřístupnění této přírodní a technické památky. Důležitým projektem Agentury byla podpora soukromých půjčoven lodí, bez nichž si dnes lze turistický ruch na této vodní cestě jen stěží představit. Roku 2002 vznikla obecně prospěšná společnost Baťův kanál, která se podílí na organizaci provozu, provozuje informační centrum a podporuje podnikatele, jejichž aktivity souvisejí s rozvojem turistického ruchu podél kanálu. V současnosti je Baťův kanál uznávanou turistickou vodní cestou.
